يرجع تاريخ الكنيسة إلى القرن 19 الميلادى، حيث تهدمت أجزاء منها نتيجة لانفجار مركب محملة بالبارود كانت تمر بالقرب من الكنيسة، ويذكر المؤرخون أيضا أن هذه الكنيسة تهدمت عدة مرات وأخذ فى الاعتبار عند بناءها من جديد أن تكون ذات طابع معمارى حديث وقد تم إزالة جميع المبانى المنهارة التى كانت من حولها ولكن يرجح أن يكون الحائط القبلى هو الحائط الوحيد الباقى من الكنيسة الأثرية.
ووضع داخل مبنى الكنيسة الجديد الآثار القديمة الخاصة بها مثل الحجاب القديم والأيقونات الاثرية وقد عثر أثناء التوسعات الأخيرة للكنيسة على سراديب تمتد من أسفل صحن الكنيسة حتى شاطئ النيل الملاصق للكنيسة، وكان قد اعتاد الأقباط أثناء بناء كنائسهم فى العصر البيزنطى على إعداد تلك السراديب حتى تكون جاهزة لكى يهرب منها المصليين عند حدوث أى خطر أو عدوان عليهم من الأعداء.
